Service WGS

Home / Service / WGS (Whole Genome Sequencing)
images
WGS (Whole genome sequencing)
동∙식물, 세균, 박테리아
동∙식물, 세균, 박테리아 등 다양한 종의 유전체 전체를 대상으로 시퀀싱하여 분석합니다.
WGS를 통해 새로운 종의 유전체 서열을 밝히거나 서열 내 변이를 탐색합니다.
분석을 통해 확보한 변이 정보는 종 간 차이 또는 형질 연관 마커 개발 등에 활용할 수 있습니다.

De novo assembly

De novo assembly 는 참조 유전체 서열 없이 종의 서열을 조립하는 방법입니다.
WGS 을 통해 생산된 데이터를 이용하여 분석 가능한 수준의 draft genome을 작성합니다.
작성된 서열은 변이 탐색을 위한 참조 유전체 서열로 활용할 수 있습니다.

Analysis Flow Chart
현재 브라우저는 지원하지 않습니다.
Work Process
현재 브라우저는 지원하지 않습니다.
결과 예시 (리포트)
실험정보 (시료)
# Sample type Concentration Total volume Quality (Purity)
WGS gDNA ≥65 ng/μL ≥15 μL 260/280: 1.8 – 2.1
260/230: 1.9 – 2.2
DIN ≥7
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
images
시퀀싱 생산량
시퀀싱 장비 Read length 데이터 생산량 비고
Illumina NovaSeq 6000 Paired-end 151bp ≥10Gb 약 300Mb 크기의 종을 기준으로 정한 생산량.
(약 30X 이상 생산)
Illumina HiSeq X ten
PacBio 분석 종, 실험 목적에 따라 상이하므로 자세한 내용은 전화 문의바랍니다.
images
분석 일정
샘플 QC 라이브러리 제작 시퀀싱 분석 전체일정
1 week 1 week 4 week 4 week 10 week

Reference guided assembly

Reference guided assembly 는 de novo assembly와 다르게 분석대상 또는 근연종의 참조 유전체 서열이 필요합니다.
참조 유전체 서열을 기반으로 reference guided assembly를 수행하여 분석 대상의 유전체 서열을 작성합니다.
작성된 서열은 변이 탐색을 위한 참조 유전체 서열로 활용할 수 있습니다.

Analysis Flow Chart
현재 브라우저는 지원하지 않습니다.
Work Process
현재 브라우저는 지원하지 않습니다.
결과 예시 (리포트)
실험정보 (시료)
# Sample type Concentration Total volume Quality (Purity)
WGS gDNA ≥65 ng/μL ≥15 μL 260/280: 1.8 – 2.1
260/230: 1.9 – 2.2
DIN ≥7
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
images
시퀀싱 생산량
시퀀싱 장비 Read length 데이터 생산량 비고
Illumina NovaSeq 6000 Paired-end 151bp ≥10Gb 약 300Mb 크기의 종을 기준으로 정한 생산량.
(약 30X 이상 생산)
Illumina HiSeq X ten
PacBio 분석 종, 실험 목적에 따라 상이하므로 자세한 내용은 전화 문의바랍니다.
images
분석 일정
샘플 QC 라이브러리 제작 시퀀싱 분석 전체일정
1 week 1 week 4 week 4 week 10 week

변이분석

변이분석은 WGS를 통해 생산된 데이터를 참조 유전체 서열에 read alignment 하여 분석합니다.
분석 목적에 따라 SNP (single nucleotide polymorphism), short In/Del (insertion/deletion), SSR (Simple sequence repeat), SV (structural variation) 로 구분하여 분석할 수 있습니다.
확보된 변이는 병 또는 품종 등의 마커 개발에 활용할 수 있습니다.

Analysis Flow Chart
현재 브라우저는 지원하지 않습니다.
Work Process
현재 브라우저는 지원하지 않습니다.
결과 예시 (리포트)
실험정보 (시료)
# Sample type Concentration Total volume Quality (Purity)
WGS gDNA ≥65 ng/μL ≥15 μL 260/280: 1.8 – 2.1
260/230: 1.9 – 2.2
DIN ≥7
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
images
시퀀싱 생산량
시퀀싱 장비 Read length 데이터 생산량 비고
Illumina NovaSeq 6000 Paired-end 151bp ≥10Gb 약 300Mb 크기의 종을 기준으로 정한 생산량.
(약 30X 이상 생산)
Illumina HiSeq X ten
PacBio 분석 종, 실험 목적에 따라 상이하므로 자세한 내용은 전화 문의바랍니다.
images
분석 일정
샘플 QC 라이브러리 제작 시퀀싱 분석 전체일정
1 week 1 week 4 week 4 week 10 week

소기관 분석

소기관 분석은 Chloroplast (CP)와 Mitochondrial (MT) genome 분석으로 구분됩니다.
WGS 데이터로부터 CP 또는 MT genome을 분류 후 de novo assembly를 수행하여 single circular genome을 작성합니다.
확보된 유전자 서열 또는 변이 정보를 이용하여 계통 연구 등에 활용할 수 있습니다.

Analysis Flow Chart
현재 브라우저는 지원하지 않습니다.
Work Process
현재 브라우저는 지원하지 않습니다.
결과 예시 (리포트)
실험정보 (시료)
# Sample type Concentration Total volume Quality (Purity)
WGS gDNA ≥65 ng/μL ≥15 μL 260/280: 1.8 – 2.1
260/230: 1.9 – 2.2
DIN ≥7
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
images
시퀀싱 생산량
시퀀싱 장비 Read length 데이터 생산량 비고
Illumina NovaSeq 6000 Paired-end 151bp ≥10Gb 약 300Mb 크기의 종을 기준으로 정한 생산량.
(약 30X 이상 생산)
Illumina HiSeq X ten
PacBio 분석 종, 실험 목적에 따라 상이하므로 자세한 내용은 전화 문의바랍니다.
images
분석 일정
샘플 QC 라이브러리 제작 시퀀싱 분석 전체일정
1 week 1 week 4 week 4 week 10 week

분자 마커 개발

WGS 를 통해 생산된 데이터에서 확보한 변이로 분자마커를 개발할 수 있습니다.
대표적으로 SNP를 활용하여 종, 품종, 병저항성, 원산지 등을 구분할 수 있으며, 작물 육종에 활용 가능한 MAB 마커 세트 개발이 가능합니다.

Analysis Flow Chart
현재 브라우저는 지원하지 않습니다.
Work Process
현재 브라우저는 지원하지 않습니다.
결과 예시 (리포트)
실험정보 (시료)
# Sample type Concentration Total volume Quality (Purity)
WGS gDNA ≥65 ng/μL ≥15 μL 260/280: 1.8 – 2.1
260/230: 1.9 – 2.2
DIN ≥7
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
images
시퀀싱 생산량
시퀀싱 장비 Read length 데이터 생산량 비고
Illumina NovaSeq 6000 Paired-end 151bp ≥10Gb 약 300Mb 크기의 종을 기준으로 정한 생산량.
(약 30X 이상 생산)
Illumina HiSeq X ten
PacBio 분석 종, 실험 목적에 따라 상이하므로 자세한 내용은 전화 문의바랍니다.
images
분석 일정
샘플 QC 라이브러리 제작 시퀀싱 분석 전체일정
1 week 1 week 4 week 4 week 10 week
Loading...
Loading...