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GBS 시퀀싱 데이터를 통한 변이분석은 참조 유전체 서열에 read alignment 하여 분석합니다.
목적에 따라 SNP (single nucleotide polymorphism), short In/Del (insertion/deletion) 로 구분하여 분석할 수 있습니다.
변이분석은 유전지도 작성, GWAS 분석, 마커 개발 등과 같은 심화분석을 진행하기 위한 선행 단계입니다.
| # | Sample type | Concentration | Total volume | Quality (Purity) |
|---|---|---|---|---|
| GBS | gDNA | 20-50ng/μL | ≥30 μL | 260/280: 1.8 – 2.1 260/230: 1.9 – 2.2 DIN ≥7 |
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
| 시퀀싱 장비 | Read length | 데이터 생산량 | 비고 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq 6000 | Paired-end 151bp | ≥100Gb | 96 Sample 1 Set 기준 생산량. |
| Illumina HiSeq X ten |
| 샘플 QC | 라이브러리 제작 | 시퀀싱 | 분석 | 전체일정 |
|---|---|---|---|---|
| 2 week | 2 week | 4 week | 4 week | 12 week |
GBS 시퀀싱 데이터를 통한 유전지도 작성은 변이분석을 통해 확보된 변이를 기반으로 분석합니다.
유전지도 작성은 일반적으로 부, 모 샘플 간 차이가 존재하는 교배집단 샘플을 이용하여 분석합니다.
유전지도는 교배집단의 특성에 따른 마커를 선발하고, 마커 간 유사도 등을 근간으로 거리를 예측하여 작성합니다.
작성된 유전지도는 QTL 분석에 활용 가능하며, QTL 분석을 통해 형질과 연관된 영역을 탐색합니다.
| # | Sample type | Concentration | Total volume | Quality (Purity) |
|---|---|---|---|---|
| GBS | gDNA | 20-50ng/μL | ≥30 μL | 260/280: 1.8 – 2.1 260/230: 1.9 – 2.2 DIN ≥7 |
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
| 시퀀싱 장비 | Read length | 데이터 생산량 | 비고 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq 6000 | Paired-end 151bp | ≥100Gb | 96 Sample 1 Set 기준 생산량. |
| Illumina HiSeq X ten |
| 샘플 QC | 라이브러리 제작 | 시퀀싱 | 분석 | 전체일정 |
|---|---|---|---|---|
| 2 week | 2 week | 4 week | 4 week | 12 week |
GBS 시퀀싱 데이터를 통한 전장유전체 연관분석(GWAS)은 변이분석을 통해 확보된 변이를 기반으로 분석합니다.
전장유전체 연관분석은 다양한 유전자원을 활용하여 분석할 수 있으며 양/질적 형질과 연관된 영역을 탐색합니다.
| # | Sample type | Concentration | Total volume | Quality (Purity) |
|---|---|---|---|---|
| GBS | gDNA | 20-50ng/μL | ≥30 μL | 260/280: 1.8 – 2.1 260/230: 1.9 – 2.2 DIN ≥7 |
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
| 시퀀싱 장비 | Read length | 데이터 생산량 | 비고 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq 6000 | Paired-end 151bp | ≥100Gb | 96 Sample 1 Set 기준 생산량. |
| Illumina HiSeq X ten |
| 샘플 QC | 라이브러리 제작 | 시퀀싱 | 분석 | 전체일정 |
|---|---|---|---|---|
| 2 week | 2 week | 4 week | 4 week | 12 week |
GBS 분석을 통한 유전 분화 및 다양성 분석은 변이분석을 통해 확보된 변이를 기반으로 분석합니다.
분석 샘플의 집단 및 그룹 정보를 활용하여 주성분분석(PCA), 주좌표분석(PCoA), 계통수분석 (Phylogenetic tree),
population STRUCTURE 분석과 같은 유전적 구조 분석을 통해 유전 다양성을 분석합니다.
또한 heterozygosity, FST 분석을 통해 집단 간의 유전적 차이 또는 분화 정도를 파악합니다.
| # | Sample type | Concentration | Total volume | Quality (Purity) |
|---|---|---|---|---|
| GBS | gDNA | 20-50ng/μL | ≥30 μL | 260/280: 1.8 – 2.1 260/230: 1.9 – 2.2 DIN ≥7 |
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
| 시퀀싱 장비 | Read length | 데이터 생산량 | 비고 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq 6000 | Paired-end 151bp | ≥100Gb | 96 Sample 1 Set 기준 생산량. |
| Illumina HiSeq X ten |
| 샘플 QC | 라이브러리 제작 | 시퀀싱 | 분석 | 전체일정 |
|---|---|---|---|---|
| 2 week | 2 week | 4 week | 4 week | 12 week |
GBS 분석을 통한 집단/형질 구분마커 개발은 변이분석을 통해 확보된 변이를 기반으로 분석합니다.
분석 샘플의 집단/형질 정보를 활용하여 연관된 마커를 탐색하고, 분석 가능한 마커 선발을 통해 집단/형질 구분 마커를 개발합니다.
| # | Sample type | Concentration | Total volume | Quality (Purity) |
|---|---|---|---|---|
| GBS | gDNA | 20-50ng/μL | ≥30 μL | 260/280: 1.8 – 2.1 260/230: 1.9 – 2.2 DIN ≥7 |
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
| 시퀀싱 장비 | Read length | 데이터 생산량 | 비고 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq 6000 | Paired-end 151bp | ≥100Gb | 96 Sample 1 Set 기준 생산량. |
| Illumina HiSeq X ten |
| 샘플 QC | 라이브러리 제작 | 시퀀싱 | 분석 | 전체일정 |
|---|---|---|---|---|
| 2 week | 2 week | 4 week | 4 week | 12 week |
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