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RNA (DEG : Differentially Expressed Gene)
유전자 발현, 표현형, 대사체
RNA sequencing 을 통해 샘플 별 조직, 환경 및 실험의 조건에 따라 발현의 차이를 보이는 유전자의 발현치를 정량화하고 기능을 분석할 수 있다.

De novo TX assembly

분석 종의 표준 전사체 서열이 존재하지 않을 경우, RNA-seq을 통해 생산된 short read 데이터를 이용해 전사체 서열을 조립합니다.
De novo transcriptome assembly를 통해 조립된 표준 전사체 서열은 연구자가 연구 대상으로 하는 샘플과 일치하는 전사체 서열을 만들어 낼 수 있습니다.
이를 통해 유전자 발현 분석 및 유전자 서열 변이 연구를 위한 기초 자료로 활용이 가능합니다.

Analysis Flow Chart
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Work Process
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결과 예시 (리포트)
실험정보 (시료)
# Sample type Concentration Total volume Quality (Purity)
RNASeq Total RNA ≥65 ng/μL ≥15 μL RIN ≥7
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
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시퀀싱 생산량
시퀀싱 장비 Read length 데이터 생산량 비고
Illumina NovaSeq 6000 Paired-end 151bp ≥3Gb 분석 종, 실험 목적에 따라 상이하므로 자세한 내용은 전화 문의바랍니다.
Illumina HiSeq X ten
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분석 일정
샘플 QC 라이브러리 제작 시퀀싱 분석 전체일정
1 week 1 week 4 week 4 week 10 week

DEG

생물 종이 처리 조건에 따라 변화되는 유전자 발현 양상을 확인합니다.
처리 조건은 유전적 환경적 영향에 따른 진행 상태 및 스트레스 처리 조건과 같은 표현형과 대사의 변화에 따라 적절한 time, tissue로 구분하여 샘플링합니다.
분석을 통해 샘플링된 샘플간에 발현에서 유의하게 차이를 일으키는 유전자를 조사하고, 유전자가 가지는 function annotation및 Gene Ontology, Pathway 정보를 통해 분자생물학적 해석을 할 수 있습니다.

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실험정보 (시료)
# Sample type Concentration Total volume Quality (Purity)
RNASeq Total RNA ≥65 ng/μL ≥15 μL RIN ≥7
* 시료상태로 샘플 입고 가능하며 잎 샘플 기준으로 가로x세로 (3x3) 정도의 크기면 충분합니다.
* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
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시퀀싱 생산량
시퀀싱 장비 Read length 데이터 생산량 비고
Illumina NovaSeq 6000 Paired-end 151bp ≥3Gb 분석 종, 실험 목적에 따라 상이하므로 자세한 내용은 전화 문의바랍니다.
Illumina HiSeq X ten
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분석 일정
샘플 QC 라이브러리 제작 시퀀싱 분석 전체일정
1 week 1 week 4 week 4 week 10 week

Transcriptome 변이 분석

생물 종이 가지는 고유한 유전적 변이 정보를 유전자의 coding영역내에서 탐색합니다.
RNA-seq 을 통해 확보한 short read 데이터에는 연구 대상 종이 가지는 유전적 변이 정보를 담고 있습니다.
이를 표준 전사체 서열에 mapping하거나 assembly를 통해 SNP, insertion, deletion, 등의 변이를 유전자의 coding 영역 내에서 탐색합니다.

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# Sample type Concentration Total volume Quality (Purity)
RNASeq Total RNA ≥65 ng/μL ≥15 μL RIN ≥7
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* PacBio 분석 관련은 전화 문의바랍니다.
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Illumina NovaSeq 6000 Paired-end 151bp ≥3Gb 분석 종, 실험 목적에 따라 상이하므로 자세한 내용은 전화 문의바랍니다.
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